Я ценю Ваше правильное качество - сомневаться. Сам стал копать по некоторым вопросам и натыкаться на все большее количество подтверждений.

>> 1. Как и когда были доставлены трупы на место катастрофы
Я попытался проследить последнюю информацию о живом Качиньском. Его в последний раз видели 8 Апреля, за два дня до Смоленских событий в Вильнюсе, как он отъезжал от президентского дворца. Дочь не видела его последние два дня. Никаких других фото-видео свидетельств нет. Набранный материал оформил в пост "последний визит Качиньского в Литву"
http://rodom-iz-tiflis.livejournal.com/872.html
Смею предположить, что Качиньский мог и не вернуться в Варшаву, а его тело было доставлено сразу в Смоленск.

>> 2. Если самолет не прилетал на "Северный", то с кем разговариал экипаж Як-40?
>> 3. Если самолет прилетал на "Северный", но не разбился, а ушел на другой аэродром, то почему его уход не видел экипаж Як-40?

Здесь еще не смотрел, но по-моему у Вас находил указания на странности:
- есть отметка с радара в Шауляй, которой быть не могло
- нет второго пилота Як-40 в числе свидетелей
- бортинженер, как свидетель, повесился, а скорее всего - был повешен
- первый пилот с перепугу подтвердил показания бортинженера после его смерти, не давая своих собственных показаний

>> 4. Логи и записи СОК диспетчерских пунктов УВД по маршруту следования самолета.

Скажите, а есть информация, подтверждающая маршрут следования?
Простите, несмотря на высшее техническое образование, авиационная отрасль - это "отдельная кухня", в которой у меня к Вам большое доверие.