///Пропадает смыл навигации по маякам///

Конечно же нет. Просто данные, получаемые от маяка более приоритетны, чем рассчитанные системой. Когда они есть, то используются они. Когда от маяка нет сигнала, то используются рассчитанные значения.

///Предполагаемые координаты "маяка" не дают никаких преимуществ///

Разумеется не дают. Система использует их как "запасные", см. выше. А если у Вас чистый VOR? Где Вы возьмете для него удаление?